가톨릭의대 인천성모병원
순환종양DNA(circulating tumor DNA, ctDNA) 검사는 폐암에서 표적치료제 선택, 내성 변이 평가, 치료 반응 모니터링 등에 활용될 수 있는 중요한 분자진단 도구이다. 현재 임상에서는 주로 혈장 기반 ctDNA 검사가 사용되고 있으나, 조직검사가 어렵거나 검체량이 부족한 경우에는 다른 체액 검체를 활용한 검사도 고려될 수 있다.
흉수(pleural effusion, PE)와 기관지폐포세척액(bronchoalveolar lavage fluid, BALF)은 폐 병변과 인접한 검체로, 일부 환자에서는 혈장보다 종양 유래 DNA가 풍부할 수 있다. 특히 흉수 상층액(supernatant)을 이용한 연구들에서는 조직 또는 혈장 검사에서 확인되지 않은 actionable alteration이 추가로 검출되는 경우가 보고되었다. 그러나 PE/BALF 기반 ctDNA 검사는 아직 검사 전 처리, 분석 검증, 질관리, 결과 해석 및 보고 방식이 충분히 표준화되어 있지 않다. 이에 폐암 환자에서 PE/BALF 기반 ctDNA 검사를 보다 일관되게 적용하기 위한 권고안이 마련되었다.
본 권고안은 문헌고찰, 국내 검사 현황 조사, 전문가 델파이 합의를 바탕으로 개발되었으며, 총 15개 권고안은 크게 세 영역으로 나눌 수 있다.
PE/BALF 기반 ctDNA 검사는 검체 처리 과정에 따라 결과가 크게 달라질 수 있다. 흉수 ctDNA 분석에서는 세포 성분에 의한 genomic DNA 오염을 줄이기 위해 상층액 사용이 권고된다. BALF에서도 같은 원칙을 적용할 수 있으나, BALF 특이 근거는 제한적이므로 검사실 내 검증이 필요하다.
검체는 채취 후 가능한 한 신속하게 처리해야 하며, 각 기관은 허용 가능한 처리 시간, 원심분리 방법, 분획 분리 절차를 SOP에 포함해야 한다. 전처리 후 장기 보관이 필요한 경우에는 상층액을 aliquot하여 −80℃에 보관하고, 반복 동결-해동은 피하는 것이 바람직하다. 또한 검체 종류, 사용 분획, 채취 및 처리 시간, 혈성 또는 혼탁 여부, 핵산량 등을 기록해야 하며, BALF의 경우 주입량과 회수량 등 희석 관련 정보도 함께 기록하는 것이 좋다.
검사 플랫폼은 검사 목적에 따라 선택해야 한다. 초기 분자 프로파일링처럼 여러 driver alteration을 확인해야 하는 경우에는 NGS 기반 검사가 적합하며, 낮은 VAF 변이 검출을 위해 UMI 등 오류 억제 기법을 포함한 검사를 고려할 수 있다. 반면 이미 알려진 특정 변이를 추적하거나 고감도로 확인해야 하는 경우에는 ddPCR 또는 dPCR과 같은 표적 검사를 사용할 수 있다.
검사실은 limit of detection(LOD), 보고 가능 기준, run-level QC, 검사 실패 기준 등을 명확히 정해야 한다. 특히 PE/BALF 검체는 혈장과 다른 matrix 특성을 가지므로, 혈장 기반 검사의 성능을 그대로 적용해서는 안 된다. 검사실 자체 개발검사로 시행하는 경우에는 PE/BALF에 대한 matrix-specific validation이 필요하며, 가능할 경우 외부정도관리 또는 기관 간 비교에 참여하는 것이 권고된다.
PE/BALF 기반 ctDNA 검사는 조직 또는 세포블록 기반 분자검사가 불가능하거나 지연되는 경우 보완적 검사로 활용될 수 있다. 검증된 검사에서 actionable driver alteration이 검출되고 QC 기준을 충족한다면, 임상적 맥락에 따라 치료 결정에 참고할 수 있다.
반면 “not detected” 결과를 변이 부재로 해석해서는 안 된다. 낮은 종양 DNA shedding, 검체 희석, 낮은 DNA 입력량, 검사 민감도 한계 등으로 위음성이 발생할 수 있기 때문이다. 따라서 임상적으로 중요한 변이가 검출되지 않은 경우에는 조직 검사 또는 혈장 ctDNA 검사를 통한 확인이 필요할 수 있다.
보고되는 변이는 tier 기반 해석 체계를 따르는 것이 바람직하며, 낮은 VAF 변이에서는 technical artifact 또는 clonal hematopoiesis of indeterminate potential(CHIP)의 가능성을 고려해야 한다. 보고서에는 검사 방법, panel 정보, 주요 QC 지표, LOD 또는 보고 기준, HGVS 기반 변이명, 임상 해석, 검사 한계, 추가 또는 확인 검사 권고가 포함되어야 한다.
| 영역 | 주요 내용 |
|---|---|
| 검사 전 단계 | 흉수 ctDNA 분석은 상층액 사용을 권고하며, BALF는 검증 후 적용한다. |
| 검사 전 단계 | 채취 후 처리 지연을 최소화하고, 원심분리 및 분획 분리 절차를 SOP에 포함한다. |
| 검사 전 단계 | 전처리된 상층액은 aliquot하여 −80℃에 보관하고 반복 동결-해동을 피한다. |
| 분석 및 질관리 | 초기 분자 프로파일링에는 오류 억제 기법을 포함한 NGS를 고려한다. |
| 분석 및 질관리 | 특정 변이 추적에는 ddPCR/dPCR 등 표적 고감도 검사를 사용할 수 있다. |
| 분석 및 질관리 | PE/BALF matrix에 맞춘 분석적 검증과 QC 기준 설정이 필요하다. |
| 결과 해석 | 조직검사가 어렵거나 지연되는 경우 보완적 분자 프로파일링으로 고려할 수 있다. |
| 결과 해석 | “Not detected”는 변이 부재를 의미하지 않으며, 필요 시 확인 검사를 고려한다. |
| 결과 보고 | 방법, QC, LOD, HGVS, 임상 해석, 검사 한계, 추가 검사 권고를 포함한다. |
PE/BALF 기반 ctDNA 검사는 폐암 환자에서 조직검사가 어렵거나 검체가 불충분한 경우 유용한 보완적 검사로 활용될 수 있다. 다만 현재 근거는 흉수 중심이며, BALF에 대한 근거는 아직 제한적이다. 따라서 각 검사실은 검체 처리, 분석 검증, 질관리, 결과 해석 및 보고 기준을 명확히 정한 뒤 임상에 적용해야 한다. 향후 다기관 연구와 외부정도관리 체계가 마련된다면 PE/BALF 기반 ctDNA 검사의 임상적 활용도는 더욱 명확해질 것으로 기대된다.
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